インボイス制度の3割特例・経過措置とは？～改正内容と今後の実務対応を解説～
目次
はじめに
インボイス制度の導入から一定期間が経過し、制度開始時に設けられた各種の経過措置が、期限を迎えようとしており、次なるフェーズへの移行期を迎えています。
直近の税制改正では、特に以下の2つの改正が注目されています。
- 個人事業者向けに新設された「3割特例」
- 免税事業者からの仕入れに関する「仕入税額控除の経過措置」の延長・見直し
特に、これまで適用されていた「2割特例」の終了が近づく中で、今後の消費税負担や取引実務への影響を気にされている事業者の方も多いのではないでしょうか。
本記事では、これら2つの改正ポイントについて、実務的な観点から内容を整理して解説いたします。今後の納税予測や取引実務の確認にお役立てください。
※本記事は2026年度税制改正に基づき作成しています。
2割特例の終了と個人事業者向けに創設された「3割特例」
3割特例とは？
「3割特例」は、インボイス制度の開始に伴い、免税事業者から課税事業者（インボイス発行事業者）となった事業者の税負担を軽減するために設けられた「2割特例」に続く、新たな経過措置です。
売上に係る消費税額の3割を納税額とする計算方法であり、納税負担と事務負担の両面を緩和することを目的としています。
※現行の2割特例を適用できる期間
個人事業主：2026年分の確定申告まで
法人：2026年9月30日の属する課税期間の確定申告まで
対象となる事業者
今回の改正で最も注意すべき点は、適用対象が「個人事業主」に限定されたことです。
その他の具体的な適用条件は以下のとおりです。
・個人事業主であること
今回の3割特例は、個人事業主のみが対象です。
法人は対象外となるため、2026年9月30日を含む課税期間で2割特例が終了した後は、通常どおり本則課税または簡易課税へ移行することとなります。
・インボイス発行事業者であること
2割特例と同様に、もともと免税事業者であった事業者がインボイス登録を受け、課税事業者となった場合に適用されます。
・基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること
こちらも2割特例と同様に、2年前の課税売上高が1,000万円以下であることが条件です。
対象期間
2027年・2028年分の確定申告が対象となります。
簡易課税とどちらが有利？
簡易課税制度は、業種ごとに定められた「みなし仕入率」に基づいて納税額を計算する制度です。
業種によっては、3割特例よりも簡易課税制度を選択した方が、納税額を抑えられる場合があります。
特に、卸売業・小売業などのみなし仕入率が高い業種については、簡易課税の方が有利となるケースもあるため、3割特例を適用できる場合であっても、事前に比較検討を行うことが重要です。
※ 参考：No.6509 簡易課税制度の事業区分
仕入税額控除の経過措置はどう変わる？
経過措置とは？
インボイス制度では、原則として「インボイス（適格請求書）」の保存がなければ、仕入税額控除を受けることができません。しかし、取引先が免税事業者の場合、インボイスが発行されないため、買い手側の消費税負担が大きくなる場合があります。
そこで設けられているのが「経過措置」です。これは、免税事業者等のインボイス発行事業者以外からの仕入れでも、一定期間に限り、消費税相当額の一部を控除できる特例です。
2026年9月30日までは、免税事業者からの仕入れについて、消費税相当額の80％を仕入税額控除できる措置が設けられています。今回の改正は、この経過措置の適用期間や条件を見直すものとなります。
控除率の変更スケジュール
経過措置は、2029年9月30日までで終了する予定でしたが、今回の改正により、適用期間が2年間延長され、2031年9月30日まで継続されることになりました。
また、控除できる割合は、次のとおり段階的に引き下げられます。
- 2026年10月1日〜2028年9月30日： 控除率 70%
- 2028年10月1日〜2030年9月30日： 控除率 50%
- 2030年10月1日〜2031年9月30日： 控除率 30%
- 2031年10月1日〜：控除なし
適用上限額も引き下げ
さらに今回の改正では、経過措置を適用できる仕入れ額の上限も見直されています。
これまでは、同一の免税事業者からの仕入れについて、事業年度ごとに10億円が上限とされていましたが、改正後は、この上限が1億円に引き下げられます。
そのため、同一の免税事業者に対して事業年度内に1億円を超える支払いがある場合、1億円を超える部分については経過措置の対象外となり、仕入税額控除を受けることができません。
改正前に確認しておきたいポイント
今回の改正により、2026年10月以降、免税事業者からの仕入れにかかる消費税負担は段階的に増加します。特に、免税事業者との取引額が大きい場合は、早めに影響を確認し、必要な対策を検討することが重要です。
改正後に慌てないためにも、次の点を中心に、事前の確認と対応を進めておきましょう。
現行の80％控除を活用できる取引の確認
2026年9月30日までは、免税事業者からの仕入れについて、消費税相当額の80％を仕入税額控除できます。
備品の購入、修繕、外注委託などを予定しており、取引先が免税事業者である場合は、実施時期を確認しておきましょう。2026年10月以降に実施するよりも、現行制度の適用期間内に行った方が、より多くの仕入税額控除を受けられる可能性があります。
取引先ごとの取引額の把握
改正後は、同一の免税事業者からの課税仕入れが事業年度内に1億円を超える場合、その超過部分については経過措置を適用できなくなります。
そのため、特定の免税事業者との取引額が1億円に近い、または超える見込みがないかを確認しておきましょう。高額な取引を継続している場合は、特定の取引先に取引が集中していないかを確認し、必要に応じて発注先や取引内容の見直しを検討することが大切です。
納税額の再シミュレーション
2026年10月以降は、控除率が70％、50％と段階的に引き下げられます。
また、個人事業主については、2割特例終了後に「3割特例」へ移行することで、これまでより納税負担が増加するケースも想定されます。
そのため消費税の納税額がどの程度増加するのかを事前に確認し、資金繰りや利益計画への影響を確認しておくことが重要です。
取引条件の見直しとインボイス登録の再確認
控除率の低下や1億円上限の影響を踏まえ、重要な取引先については、今後の取引方針を整理しておくことが大切です。
たとえば、取引価格の見直しや発注量の調整、取引先へのインボイス登録の打診など、取引先ごとに必要な対応を検討しておきましょう。
会計システムの対応確認
控除率の変更に対応できるよう、利用中の会計ソフトが適時アップデートされるか、また設定変更が必要かを確認しておきましょう。
インボイス制度における負担軽減措置のロードマップ
インボイス制度では、制度開始による急激な負担増加を緩和するため、段階的に各種の経過措置が設けられています。
特に「2割特例」「3割特例」「仕入税額控除の経過措置」は、それぞれ適用期間や控除率が異なるため、今後のスケジュールを整理して把握しておくことが重要です。
おわりに
インボイス制度は、今回ご紹介した3割特例や経過措置の緩和のように、社会情勢や実務の実態に合わせて変化をしています。
これらの改正は、事業者にとって税負担や事務負担を軽減する大きな助けとなりますが、適用には正確な制度理解と事前のシミュレーションが欠かせません。
変化し続ける制度を賢く活用し、より円滑な経営を目指していきましょう。
自社への影響が気になる場合は、早めに顧問税理士へご相談ください。
