【令和8年度税制改正解説】インボイス経過措置はどう変わる？現行制度との変更点を解説

インボイス制度の導入から数年、実務現場ではようやく運用が定着してきたかと思いますが、ここで新たな動きがありました。令和8年度税制改正大綱において、インボイス制度に係る経過措置の見直しが発表されたのです。

今回の改正は、これまでの緩和措置が終了した後の急激な負担増をいかに抑えるかがポイントとなっています。令和7年までの現行制度と比較しながら、実務への影響を詳しく見ていきましょう。

（※本記事は令和8年度税制改正大綱に基づいた内容であり、今後の国会審議等により詳細が変更となる可能性があります。）

1. インボイス「2割特例」終了
新措置：個人事業主限定で「3割特例」が導入へ

令和8年9月30日までに開始する課税期間を対象に、免税事業者がインボイス発行事業者へ転換した場合には消費税の納税額を売上に係る消費税額の 2割 として計算することができる、いわゆる「2割特例」が設けられています。

令和8年度税制大綱によれば、「2割特例」終了後、個人事業者に限り、新たな緩和措置「3割特例（仮称）」が講じられることとなる見込みです。具体的には、消費税の納付額を売上に係る消費税額の 3割に抑えることができるというものです。

この「3割特例」は、令和8年10月1日以降に開始する課税期間（令和9年および令和10年） に適用され、「2割特例」の終了後、直ちに本則課税や簡易課税へ移行するのではなく、もう一段階、負担を緩和するための経過措置として位置づけられています。
なお、本特例の適用にあたっては、確定申告書への付記のみで足り、特別な事前届出は不要 です。

ここで特に注意すべき点が、適用対象の範囲 です。
現行の「2割特例」は、個人事業者・法人の双方が対象でしたが、今回新設される「3割特例」は 「個人事業者のみ」 が対象となり、法人は適用対象外となります。

そのため、法人の場合は、令和8年9月30日を含む課税期間をもって2割特例の適用が終了 し、以後は原則課税または簡易課税といった、通常の課税方式へ移行することになります。

法人においては、「2割特例」終了後の消費税の課税方式について、どの方法が有利となるかを事前に検討しておくことが重要です。簡易課税制度の選択届出の提出期限や、本則課税との比較も踏まえ、早い段階で税務上の方針を整理しておきましょう。

【簡易課税制度への移行】

2割特例の適用を受けた小規模事業者のうち、法人および3割特例を適用しない個人事業者は、2026（令和8）年10月1日以後（2割特例終了後）、最初の課税期間に係る確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出すれば、簡易課税制度の適用が認められます。

【2割特例の改正スケジュールと変更点】

区分	令和7年まで （現行）	令和8年10月〜令和10年末 （改正案）	令和11年以降
適用される特例	2割特例	3割特例（仮称）	本来の税額（簡易課税等）
対象となる主体	個人事業者・法人	個人事業者のみ	全事業者
納税額の目安	売上に係る消費税の 20%	売上に係る消費税の 30%

2. 免税事業者からの仕入れに係る「控除割合」の段階的縮小

買い手側にとって特に注意が必要なのが、免税事業者からの仕入れに係る「仕入税額控除」の経過措置です 。令和8年度税制改正大綱では、これまで一律80%とされていた控除割合について、緩和を目的とした新たなスケジュールが示されました 。

当初のスケジュールでは、令和8年10月より、控除率80%から50%へ引き下げられる予定でした 。しかし、今回の改正により令和8年10月以降は「70%・50%・30%」と、より緩やかに引き下げられることになる見込みです。

しかしながら実務上は、会計ソフトにおける税区分設定の見直し・更新や、令和8年10月をまたぐ取引についての消費税計算の対応など、事務処理面での対応にも留意が必要です。

【免税事業者からの仕入れに係る控除可能割合】

• 〜令和8年9月30日：80％控除
  
• 令和8年10月1日〜令和10年9月30日：70%控除
  
• 令和10年10月1日〜令和12年9月30日：50%控除
  
• 令和12年10月1日〜令和13年9月30日：30%控除
  

「1億円制限」の新設による大口取引への影響

現行制度では、インボイス未登録事業者からの課税仕入れについて適用される仕入税額控除の経過措置は、一の事業者からの年間仕入額が10億円まで に限定されており、これを超える部分については対象外とされています。

これに対し、令和8年税制大綱では、この適用上限額が 「年間1億円」へと大幅に引き下げられます。その結果、特定の大口仕入先がインボイス未登録のままである場合、令和8年10月以降は、年間1億円を超える部分の課税仕入れについて、仕入税額控除の経過措置が適用できなくなります。

実務上、直ちに多くの事業者が該当するケースではないものの、仕入額が大きい事業者にとっては仕入税額控除が制限され、消費税負担が増加する可能性 があります。

最終整理と実務上の留意点

令和８年度税制改正大綱で示された経過措置の見直しは、インボイス制度への適応を進めつつも、急激な税負担増を避けるという配慮が中心です。特に個人事業者向けの３割特例や段階的な仕入税額控除の縮減スケジュール延長は、移行期の負担をある程度緩和するものになっています。

一方で実務面では、会計システムの税区分設定の見直し、仕入先との取引条件の再検討、簡易課税制度の選択届出の提出期限管理など、細かな対応が必要になります。
また法人と個人事業者で適用範囲が異なる点や、控除割合の段階的変化が仕訳計上や税額計算に影響を及ぼす点にも注意が必要です。
最新の国税庁からのアナウンスや経理担当者向けガイドラインにも目を通し、税務方針を早期に整理しておくことをおすすめします。

インボイス制度をめぐる経過措置は、今後数年にわたって段階的に内容が変化し、事業形態（個人・法人）や取引規模によって影響が大きく異なる点が特徴です。とりわけどのタイミングで本則課税・簡易課税へ移行すべきか、免税事業者との取引をどのように整理すべきかについては、早めの検討が重要となります。

ユアクラウド会計事務所では、令和８年度税制改正大綱を踏まえた消費税の影響分析や、事業者ごとの最適な課税方式の選択について、個別具体的なご相談を承っております。インボイス制度対応や今後の消費税負担についてご不安やお悩みがございましたら、どうぞお気軽に当事務所までお問い合わせください。